De fundación medieval, por los caballeros De la Nuez, Nuez de Ebro fue pueblo de moriscos y después de señorío. En concreto, se sabe que hacia mediados del siglo XVII era del Marqués de Aytona y, más tarde, del Barón de Espés, para pasar luego a señorío secular.
Alfonso Zapater opina que es incuestionable el origen musulmán del pueblo, ya que a finales del siglo XV Nuez contaba con 54 fuegos, todos ellos moriscos y posteriormente el decreto de expulsión del año 1610 afectó a 70 casas y a trescientas cincuenta personas. La misión de repoblar el lugar le fue encomendada al barón de La Laguna, que a la sazón ostentaba el señorío de Nuez. Así se denominaba entonces. “Sólo a partir de 1873 empezó a denominarse oficialmente Nuez de Ebro”. Más adelante el historiador señala que la primera mención del pueblo data del año 1205, en que se cita a “Gassion de NoÇ” y agrega “En el último tercio del siglo XIII, el 19 de octubre de 1383 ostentaban el señorío Pedro Garcés de Nuez y Roger de Nuez.
Pasó después a la baronía de Alfajarín, que ostentaba Juan de Mur”.