De sus orígenes, se puede decir, que es posible que fuera habitado por iberos y romanos, como una prolongación de la ciudad de Zaragoza, formando parte de su término municipal. Hasta la fecha, la principal constatación de esta hipótesis, son las monedas, tanto iberas como romanas, encontradas en el término de Alfindén.
La primera mención del nombre, Alfindén, se encuentra en un manuscrito del año 1145. Su emplazamiento entonces era en torno a la vieja ermita de Nuestra Señora de Alfindén en el término de Alfindén, lugar en el que se han encontrado monedas íberas y romanas.
El lugar de Alfindén pertenecía a la Iglesia de Santa María del Pilar de Zaragoza y tenía un castillo y la Iglesia de Santa María de Alfindén, posterior ermita de la Virgen de Alfindén, hoy desaparecida y recordada por el monolito levantado en su solar.
Tuvieron también propiedades en Alfindén, la Orden de San Juan de Jerusalén, Don Pedro Ximenez de Urrea, el Hospital de Peregrinos y el Hospital de Santa María La Mayor. Este último perteneciente a la Iglesia del mismo nombre, actualmente Basílica del Pilar.
En el siglo XIV el nombre ya era La Puebla de Alfindén y se cambió su emplazamiento al lugar actual.
En el año 1315 Fernán Pérez de Pina y Teresa de Pomar venden La Puebla de Alfindén al Concejo de Zaragoza, pasando a formar parte del Señorío de Zaragoza, al igual que lo eran Longares y María de Huerva y que lo serían otras poblaciones, como Zuera y sus aldeas. Así mismo e igual que Longares, Cinco Olivas y Alforque, era lugar del puente Mayor (el actual puente de Piedra).
El siglo XVI fue uno de los más activos en la modernización del pueblo, la condición económica de los alfindeños crece y se consolida. Las rentas de las dos ermitas del pueblo, la de Nuestra Señora de Alfindén y la de Santa Engracia, son considerables de forma que pueden contribuir para gastos de reparaciones, no sólo en sus respectivas iglesias sino también y principalmente en la parroquial. En este siglo los vecinos encargan a un artista zaragozano la realización de un monumento artístico para la digna celebración de la Semana Santa, con arcos, figuras bíblicas y emblemas renacentistas.
El pueblo se hallaba rodeado por una muralla en la cual se abrían dos puertas a la calzada que unía Zaragoza y Barcelona. El conjunto era presidido por la torre mudéjar levantada en 1512 por Abddallá Musaire.
